Ихтнопланктон в зимний сезон представлен лишь икринками налима. Из представителей холодноводного комплекса, встречающихся за пределами порта, в порту отсутствовали икринки и личинки шпрота, икринки мерланга, камбалы-глоссы, личинки леопардового бычка.

Весной в Новороссийской бухте в наших многолетних сборах отмечались икринки и личинки 18 видов рыб, в то время как в портовой части происходило размножение только 10 видов. Из промысловых рыб здесь нерестились ставрида, хамса, барабуля.

Большая часть рыб, размножающихся в порту, относится к литофилам. Это представители семейства бычков, губановых, морских собачек. Для откладывания икры ими используются моловые сооружения, буи, различные подводные предметы.

Анализ собранных материалов показал, что отдельные участки порта для икрометания рыб и развития кормовой базы имеют неравноценное значение. В районе судоремонтного завода, расположенного ближе к выходу в бухту, находятся бытовые и промышленные стоки, несущие 3340 м3 воды, загрязненной в основном отходами цементного производства и коммунальных предприятий. В период действия северных ветров в данном участке поверхность воды загрязняется цементной пылью, частицами волокон, оседающих на дне, что затрудняет нерест рыб с демерсальной икрой. Во время постановки судов в док в этом районе отмечается и повышенное бытовое загрязнение.

В зимний период в районе расположения судоремонтного завода в вертикальных ловах отмечалось не более 2 экз.м2 икринок налима, в то время как в центральном районе бухты до 36 экзм2. В весенний период здесь вылавливались икринки хамсы — 6 экзл2 и личинки P. minutus elongatus — также 6 экз.м2.

В январе — феврале в зооплаиктонных пробах отмечены все виды, встречаемые в порту. Наиболее массовые из них A. clausi (численность 362 экзм3 и биомасса 6,67 мгм3). Эти виды служат пищей для личинок бычков, присосок и морских собачек.