Весной в пробах зоопланктона отмечено 24 вида. Численность и биомасса отдельных организмов по сравнению с зимним сезоном заметно возрастает. Так, количество кормового рачка увеличивается более, чем в четыре раза, а A. Общая средняя численность и биомасса зоопланктона в весенний сезон по сравнению с зимним также возрастает. Увеличение этих показателей связано с появлением ряда теплолюбивых форм.

Промышленные стоки с заводов Красный двигатель, Коммунар и других приносят в северный участок порта меньший объем воды -2500 м3, но с более токсичными для гидробионтов веществами. К ним относятся щелочи, разного рода красители и частично нефтепродукты. Концентрация эфирорастворимых веществ в этом районе колеблется от 1,26 до 10,8 мгл.
В зимний период нерест рыб, где расположены стоки с заводов, не отмечен. Весной в горизонтальных сборах встречались икринки хамсы, количество которых не превышало шести экз. за 10 мин лова. За пределами порта численность этого вида колебалась от 2 до 28 экзм2. Видовой состав зоопланктона не отличался от района судоремонтного завода, что объясняется близостью расположения обоих участков. Массового развития в зимний сезон , численность которой составила 1750 экзм3 при биомассе 25,63 мгм3. Весной общая численность зоопланктона увеличивается. В массе развиваются личинки балянусов и коловратки.

Наиболее интенсивному загрязнению подвержен участок лесного порта. В этом районе концентрируются стоки от промышленных предприятий западной части города -базы виноимпортных материалов, экспорт леса, Новороссийск-рыбпром-авагоноремонтного завода, паровозного и вагонного депо, а также многих ‘бытовых объектов, которые сбрасывают отходы в реку Цемес. Общий объем воды от 11 стоков, впадающих в эту реку, составляет около 10 тыс м3.

Растворенные компоненты нефти и нефтепродуктов и другие токсические вещества, попадая в район лесного порта, оказывают на организмы высоко токсическое действие. Именно в этом районе наблюдался наибольший процент гибели рыбы, отмечаемый в порту.